Gramaticalmente falando, o “mais adequeado” seria em longo prazo, ou em qualquer outro prazo, “curto” ou “médio”. A explicação é que perguntas elaboradas cuja resposta é sobre prazo a preposição utilizada será “em”. Exemplo:

Qual o prazo da entrega da obra? A obra estará pronta em 20 dias (não seria correto dizer que estará pronta a 20 dias).

Devido a isso, sempre uso em curto, médio e longo prazo nas minhas revisões, por serem, em sua maioria, textos científicos. Contudo, pelo disseminado uso da expressão “a longo prazo”, você pode optar, no seu dia a dia, pelo seu uso, pois há dicionários que já adotam essa forma, como o Houaiss.